Перечитывал JavaScript-Garden, в секции таймеров есть следующий код:

// удаляем "все" таймауты
for(var i = 1; i < 1000; i++) {
    clearTimeout(i);
}

Авторы утверждают, что не все таймауты могут быть завершены этим циклом, и это утверждение не вызывает сомнений. Но способ остановить все таймауты (и интервалы) все-же есть. Фишка в том, что функции setTimeout и setInterval возвращают id таймера, который при каждом вызове увеличивается на 1 (и для интервалоц и таймаутов). Таким образом, если создать интервал прямо перед очисткой всех интервалов, то его id будет наибольшим. Все, кто имеет меньший id будут очищены:

// удаляем все таймауты
var max_id;

max_id = setTimeout(function () {});
while (max_id--) {
    clearTimeout(max_id);
}